3月21日，财政部、税务总局、海关总署三部门发布《关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号，以下简称《公告》），对国务院常务会议决定的减税政策进行落实和细化，经仔细研读发现，这次出台的增值税减税新政，对涉农企业是一个大利好。主要体现在以下两个方面：
　　一、农产品深加工行业进销税差由4%减少为3%
　　根据《公告》第二条：“纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额”。也就是说，对于农产品深加工行业，销项税率与扣除率的差为3%。
　　而在此之前，按照财税[2018]32号的第三条：“纳税人购进用于生产销售或委托加工16%税率货物的农产品，按照12%的扣除率计算进项税额”的规定，销项税率与扣除率的差为4%。
　　销项税率与扣除率的差减少，相应的应纳税额也会减少。应纳税额减少了，企业的利润就会增加，这对农产品深加工行业是个利好。
　　二、允许纳税人申请退还增量留抵税额对部分农产品初加工行业是个大利好
　　根据《公告》第一条：“增值税一般纳税人（以下称纳税人）发生增值税应税销售行为或者进口货物，原适用10%税率的，税率调整为9%”和第二条：“纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%”。新政实施后，农产品初加工行业的税率和扣除率都由10%降为9%。
　　《增值税暂行条例》第八条第三款规定：“购进免税农业产品准予抵扣的进项税额，按照买价和10%的扣除率计算”。这个政策是非常优惠的，由于购买价不需倒算，直接乘以扣除率，所以很多毛利不高的农产品初加工企业进项税长期大于销项税。
　　根据《公告》第八条：“自2019年4月1日起，试行增值税期末留抵税额退税制度”的规定，对符合条件的纳税人，可以向主管税务机关申请退还增量留抵税额，对这部分进项税长期大于销项税的企业是个利好。
　　例：某农产品初加工企业2019年4月购买某农产品1000吨，每吨买价9500元，经简单处理后，该批农产品当月全部销售完毕，每吨售价10000元（含税），试计算当月应纳税额？
　　销项税额=10000×1000÷（1+9%）×9%=825688.07元
　　进项税额=9500×1000×9%=855000元
　　应纳税额=825688.07-855000=-29311.93元
　　这意味着，该企业不但不用交税，留抵税额还增加了29311.93元。
　　当然，为简化计算，上例仅是考虑了货物流转的进项和销项，且进销差较小的情况。在实践中，实际进销差可能会大一些（农产品的进销差也不会太大），但也存在其他一些进项税，如电费、日常开支的进项等，所以，在农产品初加工行业，进项税长期大于销项税的企业是非常多的。
　　允许纳税人退还增量留抵税额的政策实施后，对这类农产品初加工企业是个大大的利好。

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